投资者保护基金是一种按一定方式筹集基金，在上市公司、证券经纪机构出现支付危机、面临破产或倒闭清算时，由基金直接向危机或破产机构的相关投资者赔偿部分或全部损失的保障机制，其作用类似于存款保险制度。
保护基金公司是国务院批准设立的国有独资金融机构，性质为非营利性企业法人，主要负责证券投资者保护基金的筹集、管理和使用。保护基金公司归口中国证监会管理。
2005年6月，国务院批准中国证监会、财政部、人民银行发布《证券投资者保护基金管理办法》（以下简称《管理办法》），同意设立国有独资的保护基金公司，并批准了公司章程。2005年8月30日，保护基金公司在国家工商总局注册成立，由国务院出资，财政部一次性拨付注册资金63亿元。
公司主要职责包括筹集、管理和运作证券投资者保护基金；监测证券公司风险，参与证券公司风险处置工作；证券公司被撤销、关闭和破产或被证监会采取行政接管、托管经营等强制性监管措施时，按照国家有关政策规定对债权人予以偿付；组织、参与被撤销、关闭或破产证券公司的清算工作；管理和处分受偿资产，维护基金权益；发现证券公司经营管理中出现可能危及投资者利益和证券市场安全的重大风险时，向证监会提出监管、处置建议；对证券公司运营中存在的风险隐患会同有关部门建立纠正机制。