2005年6月，国务院批准中国证监会、财政部、中国人民银行发布《证券投资者保护基金管理办法》（以下简称《管理办法》），同意设立国有独资的中国证券投资者保护基金有限责任公司（以下简称“投保基金公司”），并批准了公司章程。2005年8月30日，投保基金公司在国家工商总局注册成立，由国务院出资，财政部一次性拨付注册资金63亿元。投保基金公司归口中国证监会管理。
公司设董事会，为公司的决策机构；设经理层，主持公司的经营管理工作。公司内设12个部门，分别为党委办公室、纪检办公室、综合部、资金监控与监管协作部、法律事务部、资产管理部、调查评价与研究部、投资者教育服务部、统计分析部、证券公司风险监测部、财务部、信息技术部。董事会下设3个专业委员会，分别为战略发展委员会、投资决策委员会、薪酬管理委员会。公司下设1个控股子公司，北京中证保信息科技股份有限公司。
截至2019年底，公司共有干部97人，全部为本科及以上学历，其中硕士及以上学历人员占比76.30%。从专业上看，与公司业务相关的金融、法律、会计、统计、计算机相关专业人员占比约70%；从年龄上看，公司人员平均年龄为33岁，35岁以下员工占比62.90%。