党委办公室:负责公司党委日常工作；承担公司意识形态和党务宣传工作；组织实施党员发展、党员管理、党员教育等日常党建工作。
纪检办公室: 负责公司纪委日常工作；负责公司党风廉政建设、监督执纪问责、内审相关工作。
综合部: 负责公司行政综合服务及后勤保障；公文流转；人力资源管理；董事会服务；新闻宣传与网站管理；信访、保密与国安工作；公司信息系统采购工作。
资金监控与监管协作部: 负责证券市场交易结算资金监控系统的使用和管理；负责交易结算资金安全的日常监控和预警提示；组织开展与证券公司创新相关的评估、协调和开展日常监督；负责证券公司、基金公司监管协作和稽查执法协作。
法律事务部（证券纠纷调解中心）: 负责管理行政和解金和相关投资者保护专项赔付基金；证券期货纠纷多元化解；证券投资者保护相关的立法促进工作；公司法律事务及法治宣传等工作；国际合作与交流业务。
资产管理部: 负责公司自有资金与投保基金的投资；负责参与被处置证券公司风险处置；负责证券公司风险处置受偿资产的管理和处置；负责公司参控股公司的日常管理和协调工作；负责公司投资决策委员会的日常工作；负责推动公司知识产权相关工作；负责工会日常工作。
调查评价与研究部:负责证券市场各类主体调查；编制发布投资者信心指数等指数产品；开展中国资本市场投资者保护状况评估评价，编写《中国资本市场投资者保护状况蓝皮书》；投资者保护刊物管理及重大课题研究；负责公司战略发展委员会的日常工作。
投资者教育服务部: 负责12386热线日常运营管理及系统运维；证监会及公司微博、微信发布管理；投资者教育工作。
统计分析部: 负责日常统计查询分析；公司数据信息研究；统计分析系统建设管理等工作。
证券公司风险监测部: 负责证券公司流动性等风险监测分析；就风险线索会同监管部门开展检查；就重点业务和突出问题开展研究；负责风险监测专家组的日常维护工作。
财务部: 负责公司会计核算监督、财务管理；预决算管理；投保基金筹集；行政和解金收支核算；办理公司纳税事宜；对子公司相关专项审计。
信息技术部: 负责统筹规划公司信息技术资源，统一归口管理公司信息技术系统；信息系统建设项目的管理与协调；信息系统设备的采购及管理。
战略发展委员会: 负责对公司的长期战略发展规划以及影响公司发展的重大事项等进行研究并提出建议、对策或方案。
投资决策委员会: 负责审议公司投资计划、银行存款及受偿资产处置实施方案，并检查方案的执行情况。
薪酬管理委员会: 负责拟定公司薪酬管理制度和薪酬方案，并监督制度、方案的具体执行和落实情况。
北京中证保信息科技股份有限公司: 经营范围：技术咨询；技术开发；技术服务；技术转让；信息咨询服务；投资咨询；电子商务服务；销售计算机软件及辅助设备；餐饮管理。